Mantık-ut Tayr Allah'ın birliği, İslam dininin son peygamberi Muhammed'in methi gibi konulara sahip olan uzunca bir girizgâhın ardından kuşların kendilerine bir padişah seçmek istemelerinden bahseden bir giriş bölümü ile başlar. Kuşlar bir araya gelip her ülkenin padişahı olduğu kendi ülkelerinin de bir padişahı olması gerektiğini tartışırlar. Daha sonra içlerinde en bilge görülen Hüdhüd onlara padişahlarının ancak ve ancak Simurg kuşu olduğunu aktarır. Bu nokta ile birlikte Hüdhüd hikâye içerisinde önemli bir semboldür ve giriş kısmında kuş topluluğundaki Hüdhüd şu şekilde betimlenir:
- "Sırtında tarikat elbisesi, başında ise hakikat tacı vardı."[2]
Eserde Tanrı'yı sembolize eden Simurg kuşuna yapılan betimlemelerden biri ise şudur:
- "Kuşkusuz bizim de bir padişahımız vardır. O da Kaf Dağı'nın ardındadır."
- "Adı Simurg'dur, kuşların padişahıdır. O bize yakındır lakin biz ona oldukça uzağız."[3][4]
Buradan sonra yol hazırlığı içerisindeki kuşlar tek tek tanıtılır fakat öncelikle Simurg'u daha detaylıca tarif eden bir bölüm yer alır. Sonrasında farklı kuşların hikâyeleri anlatılır ve her bir kuşla bir zaaf veya özellik ilişkilendirilir. Böylece o zaafın veya özelliğin tasavvuf bağlamındaki yerine değinilir. Örneğin papağanın hikâyesinde papağan kendisinin Simurg'un dergâhına varacak takati olmadığını belirtir ve tek arzusunun içmekte olduğu ab-ı hayatolduğunu dile getirir. Hüdhüd ise canını önemsemenin yanlışlığı ile ilgili bir cevap verir ve canın canana feda etmek için olduğundan bahseder. Kitabın tek tek kuşlardan bahseden bu bölümünden itibaren anlatımda aralara bahsi geçen özellik, kavram veya genel olarak konu hakkında çeşitli hikâyeler, kıssalar anlatılır. Bu kıssaların bir kısmı tarihte yaşamış önemli kimselere atfedilir veya içlerinde karakter olarak bu kişileri barındırır.
Kuşların tek tek gelip kendilerine dair konuşmalarından ve bunlardan çeşitli özelliklerin tasavvufî tahlilinin yapılmasından sonra kuşlar Hüdhüd'e başka sorular yöneltirler. Cevaplardan sonra kuşlar yola düşmek isterler öncelikle Hüdhüd onlara açıklayıcı bir konuşma yapar. Fakat bu konuşmanın ardından bahane getirmeye başlarlar. Hüdhüd tek tek bahaneleri cevaplar. Bahanelerin sonunda bir kuşun yolu anlatmasını istemesi üzerine Hüdhüd Simurg'a ulaşmak için gidilecek yolu anlatır; aşılması gerekilen yedi vadi vardır, hepsi de çetindir. Vadilerin adları sırasıyla: Talep, Aşk, Marifet, İstiğna (ihtiyaçsızlık), Tevhid, Hayret, son olarak da Fakr ve Fena'dır. Hüdhüd bu vadilerin her birini anlatır, daha sonra etkilenen kuşlar yola koyulurlar. Binlerce kuş olarak çıktıkları yoldan sadece otuzu Simurg'un dergâhına varabilir. Sonunda Simurg'u gördüklerinde ise Simurg'un kendileri olduğunu fark ederler; dergâh aslında bir aynadan ibarettir. Bu eserde şöyle açıklanır:
- "O dergâhtan hal diliyle bir nida geldi: 'Güneşe benzeyen bu dergâh bir aynadır'."[5]
Kuşlar böylece fani olduktan uzunca bir süre sonra onların tekrar kendilerine (varlık alemine) gelmelerine izin verilir. Bu noktada kuşların geldikleri makamın beka olduğunu ifade eden ve beka makamından söz eden beyitler bulunur. Kitap Attar'ın kendisi hakkındaki bir kısımla biter; bu kısımda kitabına dair de yorumları bulunur.
